Affinity Fine-Tuning of Boltz-2: An Open Framework for Protein-Ligand Potency Prediction in Drug Discovery
본 논문은 리드 최적화를 위한 단백질-리간드 결합 친화도 예측 능력을 획기적으로 향상시키고 자유 에너지 섭동 방법과 경쟁 가능한 성능을 달성하기 위해 프로젝트별 실험 데이터를 활용하여 Boltz-2 를 미세 조정하는 개방형 프레임워크를 소개합니다.
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molecular biology
204 편의 논문
분자생물학은 생명 현상의 가장 기초적인 단위인 분자 수준에서 일어나는 복잡한 과정을 탐구하는 분야입니다. 유전 정보가 어떻게 저장되고 복제되며, 이 정보가 어떻게 세포를 구성하는 단백질로 변환되어 우리 몸의 기능을 조절하는지 그 비밀을 밝히는 것이 핵심입니다.
기스트 사이언스에서는 생물의학 연구자들이 자신의 최신 연구 결과를 즉시 공유하는 바이오리브릭의 모든 새로운 프리프린트를 체계적으로 수집합니다. 전문 용어로 가득 찬 원문을 바탕으로, 복잡한 내용을 누구나 이해할 수 있는 쉬운 설명과 함께 세부적인 기술적 요점까지 정리한 두 가지 형태의 요약본을 제공합니다.
아래에는 분자생물학 분야에서 최근 게재된 최신 논문 목록이 정리되어 있습니다.
In vitro-reconstituted Drosophila Arc capsids deliver gene editors to dystrophic muscle
본 연구는 포유류 수용체인 SORCS2 와 결합하도록 설계된 시험관 내에서 재구성된 초파리 Arc1 캡시드가 mdx 마우스의 근이영양성 근육으로 Cas9 유전자 편집기를 효율적으로 전달하여 유의미한 엑손 스킵핑을 달성하고 디스트로핀 발현을 회복시킴을 보여준다.
Cohesin collisions maintain ordered nucleosome architecture at boundaries and promoters
본 연구는 CTCF 점유율 자체보다는 코헤신 매개 루프 신장 충돌이 CTCF 부위와 전사 시작 부위에서 질서 있는 뉴클레오솜 구조를 능동적으로 유지함을 규명하였다.
De novo designed cyclic MC4R peptide agonist reduces food intake in mice
본 연구는 딥러닝을 활용하여 고강도와 마우스의 식욕 현저한 감소를 달성하는 새로운 MC4R 작용제를 설계, 최적화 및 검증함으로써, 새로운 펩타이드 약물 발견을 위한 일반화 가능한 엔드투엔드 워크플로우를 확립한다.
Divergent RNA structures support accurate splicing of the SF3B1-sensitive MAP3K7 intron
MAP3K7 인트론에 대한 고처리량 돌연변이 유발 및 SHAPE-MAP 분석을 통해 본 연구는 SF3B1 돌연변이 맥락에서 브랜치포인트 돌연변이가 암호적 스플라이스 부위 활성화의 주요 동인이지만, 정확한 스플라이싱은 단일 보존 구조가 아닌 광범위한 RNA 구조적 변이성에 의해 유지되며, 특정 RNA 결합 단백질 핫스팟 내에서는 구조적 유사성이 스플라이싱 결과와 상관관계를 보인다는 것을 규명했다.
Easymode: general pretrained networks for cellular cryo-ET enable flexible approaches to subtomogram averaging
본 논문은 4,000 개 이상의 틸트 시리즈로 훈련된 사전 학습된 일반 분할 네트워크 라이브러리인 Easymode 를 소개하며, 이는 세포 내 크라이오-ET 에서 거대분자를 식별, 추출 및 분석하기 위한 유연하고 훈련이 불필요한 워크플로우를 가능하게 하며, IMPDH 필라멘트의 4.0 Å 구조를 결정하고 그들의 세포 환경을 매핑함으로써 이를 입증한다.
Does Low Dose Radiation Induced Adaptive Response Influence Initial DNA-DSB formation? Evidence from γH2AX foci Analysis in Human Lymphocytes
본 연구는 저선량 방사선에 의해 유도된 인간 림프구의 적응 반응이 시간 의존적 및 세포 유형 특이적 방식으로 초기 DNA 이중 가닥 절단 신호(γH2AX 초점 측정) 를 현저히 감소시키며, 최대 보호 효과는 15 시간 후 최대로 나타난다는 것을 보여준다.
Affinity-tag-based microfluidic protein isolation enables high-resolution Cryo-EM from minimal starting material
본 논문은 친화성 태그를 활용하여 최소한의 용해액 또는 in vitro 번역 부피에서 직접 단백질을 포집하고 광해리시키는 일반화된 미세유체 전략을 제시함으로써, 기존 워크플로우에 비해 시료 소비량과 준비 시간을 획기적으로 줄이면서 고해상도 Cryo-EM 구조 결정을 가능하게 합니다.
Mapping the Architecture of Protein Complexes in Arabidopsis Using Cross-Linking Mass Spectrometry
본 연구는 최적화된 PhoX 교차결합 질량분석법 워크플로우를 통해 생성된 애기장대 (*Arabidopsis thaliana*) 의 대규모 구조 단백질체학 자원을 제시하며, 이를 통해 광계, 리보솜, 히스톤 복합체와 같은 다양한 분자 기계에 대한 잔기 수준의 공간적 제약을 제공하면서 수천 개의 단백질 - 단백질 상호작용을 정의하는 52,000 개 이상의 교차결합 펩타이드 쌍을 확인하였다.
Immunometabolic Remodeling of Perivascular Adipose Tissue in Murine Lupus: Implications for Lupus Vasculopathy
본 연구는 쥐 루푸스 모델에서 흉부 대동맥 주위 지방 조직이 인터페론 매개 염증, 미토콘드리아 생체 에너지 기능 부전, 그리고 획득된 지방 생성 전구세포 분화 장애를 특징으로 하는 조율된 분자 재프로그래밍을 겪으며, 이들이 collectively 루푸스 관련 혈관병증을 유발함을 입증하였다.